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1.飲食因素 飲食可使糞便菌叢發(fā)生明顯改變。無纖維食物促進(jìn)細(xì)菌易位。纖維能維持腸黏膜細(xì)胞的正常代謝和細(xì)胞動力學(xué)。食物纖維能減少細(xì)菌易位，但不能使屏障功能恢復(fù)至正常。

2.菌叢的變化因素 菌叢組成可因個體不同而存在差異，但對同一個人來說，在相當(dāng)長的時期內(nèi)菌叢組成十分穩(wěn)定。每個菌種的生態(tài)學(xué)地位由宿主的生理狀態(tài)、細(xì)菌間的相互作用和環(huán)境的影響所確定。

3.藥物的代謝因素 任何抗生素都可導(dǎo)致腸道菌叢的改變，氯林可霉素和氨芐青霉素等容易引起菌群失調(diào)，使耐藥的艱難梭菌大量繁殖而致病，導(dǎo)致抗生素相關(guān)性腹瀉。

4.年齡因素 隨著年齡的增高，腸道菌群的平衡可發(fā)生改變，雙歧桿菌減少，產(chǎn)氣莢膜桿菌增加，前者有可能減弱對免疫機(jī)能的刺激，后者導(dǎo)致毒素增加使免疫受到抑制。

5.胃腸道免疫功能障礙 胃腸道免疫功能障礙，可引起小腸內(nèi)需氧菌與厭氧菌過度繁殖，從而造成菌群失調(diào)，引起慢性腹瀉。新生兒期菌群失調(diào)發(fā)生率較高，可能與免疫系統(tǒng)發(fā)育未成熟或不完善有關(guān)。