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超級計算如何幫助高分辨率X射線成像

科學家們正在通過一種計算技術(shù)來為下一代光源提高亮度和分辨率做準備,該計算技術(shù)可以更快,更精確地重建圖像。

攝影師知道,捕獲圖像通常是焦點和分辨率之間的斗爭。使用較大的光圈將相機訓練在前景中的物體上,背景會變得模糊。使用較小的光圈可獲得景深,并且前景的清晰度會降低。

X射線成像也是如此,盡管規(guī)模要小得多。位于美國能源部阿貢國家實驗室的美國能源部(DOE)用戶設(shè)施等高級光子源(APS)等光源,在使用高分辨率X射線分析十億倍的X射線分析材料的小樣本方面表現(xiàn)出色。在您的牙醫(yī)辦公室生產(chǎn)的那些。

但是隨著下一代X射線技術(shù)的出現(xiàn),更亮的光束即將出現(xiàn),這意味著可以對更厚的樣本進行成像。樣本越厚,最終的圖像重建就越有可能遇到焦點與分辨率的問題。

西北大學物理學教授,阿貢大學杰出研究員克里斯·雅各布森(Chris Jacobsen)認為,這意味著科學家需要提前思考。雅各布森領(lǐng)導的研究人員團隊是最早在APS升級等項目之前解決X射線成像挑戰(zhàn)的研究人員之一,該項目將使APS的X射線束的亮度提高多達500倍。APS升級已經(jīng)在進行中,它將使這些改進取得進展,這些改進可能導致電池壽命更長,引擎部件更耐用,計算機效率更高。

APS升級將允許在當前強度下無法進行的研究項目,例如,追蹤老鼠大腦內(nèi)部的神經(jīng)連接,以了解有關(guān)神經(jīng)系統(tǒng)疾病的更多信息,這是Jacobsen團隊正在研究的項目。但這也將增加對更先進的重建工具的需求。

Argonne的博士后研究員Ming Ming表示,這是一個可解決的問題,但目前需要大量乏味的計算工作。Du是《科學進展》上發(fā)表的論文的主要作者,該論文描述了一種稱為自動微分的技術(shù)可以比傳統(tǒng)計算更靈活,更省力地幫助完成X射線圖像的3D重建的方式。

證明該技術(shù)的仿真(研究團隊稱其為Adorym,用于通過動態(tài)建模進行基于差分的自動對象檢索)在另一家美國能源部科學用戶辦公室Argonne Leadership Computing Facility(ALCF)的超級計算機上運行。Du在ALCF的Cooley集群上進行了編碼和測試。

杜解釋說,自動差異化是許多機器學習工具的基礎(chǔ)。用數(shù)學術(shù)語來說,它計算梯度以最小化損失函數(shù),盡管Du說這些相對簡單的數(shù)字運算可以手動執(zhí)行,但復雜的公式(例如X射線數(shù)據(jù)的3-D重構(gòu))需要大量的這些計算。

杜說:“任務(wù)很簡單,但任務(wù)很多。” “這就是發(fā)明計算機要做的事情。簡單但乏味的任務(wù)。”

雅各布森(Jacobsen)的研究團隊此前在2018年于Optica上發(fā)表的一篇論文中揭示了一種新的成像方法,該方法可以對超出景深的物體進行成像。他們的模型稱為多層優(yōu)化對象恢復(MOOR),該團隊展示了其用于X射線刻印術(shù)的實用性,該技術(shù)通常以高分辨率對材料薄片進行成像。杜說,MOOR對X射線數(shù)據(jù)的每個方向都使用密集包裝的多層模型,以創(chuàng)建較厚樣本的3-D重建。

杜說,如果不進行自動區(qū)分,將這種方法放大用于更大樣本的3D成像將是一項巨大的工作。該團隊正在使用ALCF的Theta超級計算機,以不斷努力構(gòu)建一個框架,以進行大規(guī)模的自動差異化重建。

他說:“全息照相法可以對每個樣品的整個鏡頭進行一次成像。” “問題在于對模型的微小調(diào)整意味著需要對梯度計算進行大量修改。自動微分改變了游戲。您可以對模型進行更改,而將其他所有內(nèi)容留給計算機。”

杜提供使用壽命更長的電池,作為可以從這種計算方法中受益的研究項目的一個很好的例子。他說,要對電池電極上納米級枝晶的生長進行成像,可能需要解決聚焦深度極限的問題,而自動微分技術(shù)可以幫助解決這一問題。

自動區(qū)分不是一個新主意。雅各布森(Jacobsen)說,幾年前曾建議將其作為用于相干圖像重建的工具,但當時尚不具備實現(xiàn)此功能的軟件。但是,機器學習和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的興起使這項技術(shù)變得可訪問。研究團隊使用了一個名為TensorFlow的開源軟件包來進行仿真。

雅各布森說:“計算機承擔了沉重的負擔,并且它的包裝足夠通用,可以用于X射線成像。”

到目前為止,根據(jù)Jacobsen所說,3-D重建僅在模擬數(shù)據(jù)上完成。該團隊使用一個計算機制造的物體-中空的玻璃圓錐體-來表明可以使用自動微分進行更快的重建。下一步將是對物理樣本進行測試,但是該技術(shù)的完整演示可能要等到下一代X射線設(shè)備啟動并運行。

雅各布森說:“加速器技術(shù)的下一個跳躍即將到來。” “現(xiàn)在考慮這一點很重要。”

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